กระทรวงสาธารณสุขร่วมกับสำนักงานคณะกรรมการปฏิรูประบบราชการ ได้ดำเนินการปรับรูปแบบการบริหารงานของโรงพยาบาลรัฐ ในรูปขององค์การมหาชนและได้เลือกโรงพยาบาลบ้านแพ้วเป็นจุดเริ่มต้น เพื่อปรับระบบการบริหารจัดการโรงพยาบาลของรัฐให้มีประสิทธิภาพ โดยสามารถตอบสนองนโยบายของกระทรวงสาธารณสุข ในการดูแลสุขภาพอนามัยของประชาชน และแก้ปัญหาสุขภาพของประชาชนในพื้นที่รับผิดชอบได้อย่างมีประสิทธิภาพ ซึ่งได้มีพระราชกฤษฎีกาจัดตั้งโรงพยาบาลบ้านแพ้ว โดยมีผลใช้บังคับตั้งแต่วันที่ 1 ตุลาคม 2543 การดำเนินการด้านการบริหารงานอยู่ในความดูแลของ คณะกรรมการบริหารโรงพยาบาลบ้านแพ้วชุดชั่วคราว ตามมาตรา 43 แห่งพระราชกฤษฎีกาจัดตั้งโรงพยาบาลบ้านแพ้ว พ.ศ.2543 ซึ่งคณะกรรมการบริหารโรงพยาบาลบ้านแพ้วได้ประชุม เพื่อกำหนดระเบียบข้อบังคับเกี่ยวกับการบริหารโรงพยาบาลบ้านแพ้วแล้ว จำนวน 4 ครั้ง นอกจากนี้ ได้ดำเนินการแต่งตั้งคณะกรรมการสรรหาเพื่อสรรหาคณะกรรมการบริหารโรงพยาบาลบ้านแพ้วชุดใหม่ ซึ่งขณะนี้อยู่ระหว่างการเตรียมการเสนอรายชื่อคณะกรรมการสรรหาต่อคณะกรรมการบริหารโรงพยาบาลบ้านแพ้ว เพื่อพิจารณาแต่งตั้งต่อไป สำหรับการจัดบริการแก่ประชาชนในพื้นที่อำเภอบ้านแพ้ว โรงพยาบาลบ้านแพ้ว (องค์การมหาชน) ได้รับงบประมาณสนับสนุนจากรัฐบาลในลักษณะเหมาจ่ายรายหัวประชากร ในอัตรา 782 บาทต่อคนต่อปี ซึ่งมีเงื่อนไขบริหารสำหรับประชาชนที่มีสิทธิในหลักประกันสุขภาพต่าง ๆ ยังคงได้รับสิทธิตามเดิม ส่วนประชาชนทั่วไปที่ไปใช้บริการจะต้องมีการร่วมจ่ายในอัตรา 20 บาทต่อครั้ง สำหรับผู้ป่วยนอกที่สถานีอนามัย และ 40 บาทต่อครั้ง สำหรับผู้ป่วยนอกที่โรงพยาบาลบ้านแพ้ว และ 100 บาทต่อรายผู้ป่วยใน สำหรับตึกสามัญ ส่วนประชาชนที่ไปรับบริการที่สถานีอนามัยในเครือข่ายโรงพยาบาลบ้านแพ้ว โรงพยาบาลบ้านแพ้วจะเป็นผู้จ่ายค่าบริการให้กับสถานีอนามัยในอัตรา 60 บาทต่อราย นอกจากนี้ ได้เตรียมการด้านการติดตามประเมินผลอย่างเป็นระบบ ซึ่งกระทรวงสาธารณสุขกำลังประสานเพื่อให้มีการใช้กรอบการประเมินผลร่วมกัน