เนื่องจากระบบสุขภาพแห่งชาติในปัจจุบัน ยังไม่สามารถช่วยให้ประชาชนมีสุขภาพและคุณภาพชีวิตที่ดีพอ ปัญหาโรคและภยันตรายหลายประการ ยังคงมีแนวโน้มเพิ่มสูงขึ้น ระบบการบริหารจัดการด้านสุขภาพยังขาดประสิทธิภาพไม่ทั่วถึง จึงเห็นควรมีการปฏิรูประบบสุขภาพ เพื่อสร้างระบบสุขภาพให้มีมาตรฐานคุณภาพและค่าใช้จ่ายที่ยุติธรรม และดำเนินการให้มีกฎหมายว่าด้วยสุขภาพแห่งชาติเป็นกฎหมายแม่บทในการปฏิรูประบบสุขภาพ ดังนั้น คณะรัฐมนตรี จึงได้ออกระเบียบสำนักนายกรัฐมนตรีว่าด้วยการปฏิรูประบบสุขภาพแห่งชาติ พ.ศ.2543 กำหนดให้มีคณะกรรมการปฏิรูประบบสุขภาพแห่งชาติ (คปรส.) ซึ่งมีนายกรัฐมนตรี เป็นประธาน และมีกรรมการโดยตำแหน่ง 17 คน โดยมีสำนักงานปฏิรูประบบสุขภาพแห่งชาติ (สปรส.) ซึ่งตั้งขึ้นภายในสถาบันวิจัยระบบสาธารณสุข เป็นสำนักงานเลขานุการ มีเวลาทำงานภายใน 3 ปี

สำหรับความก้าวหน้าของการดำเนินงานปฏิรูประบบสุขภาพแห่งชาติ สรุปได้ว่า คณะกรรมการปฏิรูประบบสุขภาพแห่งชาติ (คปรส.) ได้กำหนดยุทธศาสตร์การปฏิรูประบบสุขภาพ ประกอบด้วย 4 ยุทธศาสตร์ 4 ประการคือ ยุทธศาสตร์การสร้างองค์ความรู้ ยุทธศาสตร์การสร้างความร่วมมือทางสังคม ยุทธศาสตร์การสื่อสารสร้างพลัง และยุทธศาสตร์การจัดการ และได้ตั้งคณะอนุกรรมการและคณะทำงานเพื่อดำเนินการตามยุทธศาสตร์ดังกล่าวดังนี้

- คณะอนุกรรมการวิชาการ เพื่อสังเคราะห์องค์ความรู้เกี่ยวกับระบบสุขภาพ รวมทั้งนำสาระหลักที่สำคัญไปสู่การยกร่าง พ.ร.บ.สุขภาพแห่งชาติ ซึ่งขณะนี้อยู่ระหว่างการสังเคราะห์องค์ความรู้และพิจารณาข้อเสนอทางวิชาการที่เกี่ยวกับระบบสุขภาพ

- คณะอนุกรรมการสร้างความร่วมมือทางสังคม เพื่อประสานความร่วมมือกับหน่วยงานภาคีต่าง ๆ องค์กร ประชาคม ในการผลักดัน พ.ร.บ.สุขภาพแห่งชาติ และการเคลื่อนไหวทางสังคมเพื่อปรับเปลี่ยนแนวคิดจากการซ่อมสุขภาพเสีย ไปเป็นการสร้างสุขภาพดี ซึ่งขณะนี้อยู่ระหว่างเตรียมการในด้านต่าง ๆ ที่สำคัญคือ เตรียมโครงสร้างการทำงานร่วมกับภาคี จัดเวทีระดมความคิด สำรวจความคิดเห็นผ่านโพลล์ รณรงค์ปฏิรูประบบสุขภาพเครือข่ายวิทยุชุมชน และเตรียมการประชาพิจารณ์ร่าง พ.ร.บ.

- คณะอนุกรรมการสื่อสารสาธารณะเพื่อเคลื่อนไหวทางสังคม เพื่อกระตุ้นให้ประชาชนเกิดความตระหนักและเข้าใจแนวคิดเรื่องสุขภาพ ตลอดจนร่วมผลักดัน พ.ร.บ.สุขภาพแห่งชาติ ซึ่งขณะนี้ได้เผยแพร่ข้อมูลข่าวสารผ่านสื่อมวลชนในหลายรูปแบบ การจัดทำจดหมายข่าวเวทีปฏิรูป และกำลังแสวงหาและสร้างความร่วมมือกับภาคีสื่อและภาคีอื่น ๆ

- คณะอนุกรรมการยกร่าง พ.ร.บ.สุขภาพแห่งชาติ เพื่อยกร่างและผลักดัน พ.ร.บ.สุขภาพแห่งชาติ ซึ่งขณะนี้กำลังจัดทำกรอบความคิดของการยกร่าง พ.ร.บ. และคาดว่าจะยกร่าง พ.ร.บ. พร้อมเริ่มประชาพิจารณ์ภายในตุลาคม 2544